Был опубликован отчет о новом коронавирусе, чья инфекция быстро распространяется, с сообщением, что источником является змея. Эксперты продолжают утверждать, что это является результатом анализа последовательности генома вируса. Почему эта дискуссия состоялась? А где правда?
Обмен данными в случае вспышки вируса или чего-либо подобного имеет важное значение для общественного здравоохранения. Однако обмен данными может привести к сенсационным или неправильным исследованиям. Одним из примеров является спорная новая статья, утверждающая, что источником нового коронавируса, вероятно, является змея.
Распространение нового коронавируса, вызывающего респираторные заболевания, резко возросло: более 650 инфицированных и 18 человек умерли в Китае. Одна из многих загадок этой вспышки - ее точный источник инфекции.
Вспышка началась в середине декабря в Ухане, Китай, с появлением симптомов, похожих на пневмонию. Большинство пациентов были связаны с местным рынком. На рынке разнообразные животные, в том числе экзотические, продаются в переполненных ларьках. Есть живые и мертвые животные.
Без каких-либо доказательств эпидемиологи подозревают, что новый коронавирус был передан от животных людям где-то на рынке. Рынок был закрыт с 1 января.
Определение точного источника вируса является первоочередной задачей в предотвращении будущей передачи. Когда в 2003 году SARS (тяжелый острый респираторный синдром) поразил регион Китая, эта вспышка была окончательно полностью устранена путем удаления рынка, который передал вирус людям.
Распространены теории, что змеи являются источником инфекции.
Национальная целевая группа, состоящая из китайских исследователей, быстро работает над выделением и секвенированием нового коронавируса и опубликовала сводку его геномной последовательности в общедоступной базе данных в начале января. Поскольку инфекция распространяется за пределы Китая, это позволило диагностическим лабораториям по всему миру создавать диагностические тесты для выявления инфекции.
На сегодняшний день подтверждено около 10 случаев в других странах, кроме Китая, таких как Япония, Корея, Сингапур, Таиланд, Вьетнам и США. С выпуском генетической информации в последние дни появились новые результаты исследований.
Одним из них была статья группы китайских исследователей, опубликованная в журнале Journal of Medical Virology в ночь на 22 января. Основываясь на последовательности генома вируса, выпущенного Национальной целевой группой Китая, теория о том, что эта вспышка может быть от змеей, вероятна.
Вы можете представить, что произошло в результате распространения «теории змей» в пресс-релизах и преувеличенных сообщениях об этом объявлении. Наряду с официальными сообщениями о новых выявленных случаях в социальных сетях начали распространяться статьи о китайском «змеином гриппе».
Другие считают, что аргумент в этой статье, вероятно, не соответствует действительности.
«Теория змеи» продолжают опровергать
«Это просто мусорная бумага», - утверждает Эдвард Холмс, зоолог из Института инфекционных болезней и биобезопасности при Сиднейском университете, который специализируется на исследовании новых РНК-вирусов, в том числе нового коронавируса (2019-нКоВ). Холмс, который также занимает должность в Центре по контролю и профилактике заболеваний и в Университете Фудан в Шанхае, указывает на существенные недостатки в этой статье на различных вирусологических форумах, в сообществе Slack по науке, в Twitter и других, и отказывается от этой статьи. Один из многих ученых призывает журнал сделать это.
«Публикация данных о последовательности вирусов в реальном времени действительно замечательна», - говорит Холмс. «Недостатком является то, что некоторые люди используют опубликованные данные, чтобы сделать ужасные выводы, и в результате получается распространение действительно бесполезной оппортунистической информации, просто чтобы помешать».
Предварительный анализ генетических данных, опубликованных китайскими властями, показывает, что новый коронавирус (2019-нКоВ) наиболее близок к группе коронавирусов, которые обычно заражают летучих мышей. Однако сезон вспышки - зима, и летучие мыши зимуют. По ряду других причин многие ученые подозревают, что летучие мыши передают вирус человеку через других животных.
Что мы можем узнать из анализа генов
Китайская исследовательская группа во главе с Вей Цзе, микробиологом из Медицинской школы Пекинского университета, начала исследовать этого неопознанного промежуточного хозяина. Один из способов сделать это - использовать генетическую информацию для изучения генетического кода, называемого кодонами. Кодон относится к последовательности триплетов в мессенджере РНК.
Смещение в использовании кодонов (смещение кодонов) кодонов, составляющих белок, варьируется от организма к организму. Некоторые вирусы адаптируются к новым хозяевам, принимая кодон смещения нового хозяина.
Исследователи сравнили кодоны, предпочитаемые новым коронавирусом (2019-нКоВ), с кодонами, предпочитаемыми небольшим количеством потенциальных организмов-хозяев (людей, летучих мышей, цыплят, ежей, панголинов и двух видов змей). Он сообщил, что смещение кодонов нового коронавируса (2019-нКоВ) оказалось наиболее перекрывающимся с смещением кодонов двух видов змей, тайваньской кобры и тихоокеанской змеи.
На основании этих результатов в статье утверждается, что «впервые было показано, что змеи являются наиболее вероятной дикой природой, переносящей вирус 2019-nCoV». «Новая информация из нашего эволюционного анализа имеет решающее значение для эффективного контроля вспышек, вызванных пневмонией, вызванной 2019-нКоВ», - заключает он.
Последствия сравнения смещения кодонов
В отличие от этого, Холмс из Сиднейского университета отмечает, что существует много проблем с подходом исследовательской группы Пекинского университета. Например, сравнение смещения кодонов является очень косвенным способом идентификации животных-хозяев.
Сравнения смещения кодонов также наиболее уместны при рассмотрении видов с сильно различающимися таксономическими классификациями. Структура кодонов вирусов растений и млекопитающих, насекомых и птиц очень различна. Но выявление значимых паттернов между более близкими группами намного сложнее.
Особенно, когда отбирается только небольшое количество видов, это становится более сложным. «Есть много других видов с аналогичным уклоном кодонов, чем у змей, но я не знаю, потому что они не были добавлены в анализ», - говорит Холмс.
Холмс и другие критики скептически относятся к тому, что змеи могут быть промежуточным хозяином, поскольку ни один случай рептилий, несущих коронавирус, который передали людям, никогда не был задокументирован. Биология рептилий у термотермических животных слишком различна. Между прочим, новые коронавирусы 2019-nCoV и SARS очень похожи и относятся к бета-коронавирусу подсемейства коронавирусов, который, как известно, заражает только млекопитающих.
«Я не говорю, что это невозможно. Это возможно. Это странно по своей природе». Эпидемиолог Школы общественного здравоохранения Йельского университета специализируется на отслеживании новых инфекционных заболеваний с использованием геномных данных. Говорит Натан Грубо. Но он утверждает, что нет никаких доказательств. «Причина, по которой змеи являются промежуточными хозяевами, по той же причине, по которой я сейчас думаю:« Промежуточные хозяева - это птицы ».
Журналы поддерживают статьи заново
Когда американская версия WIRED взяла интервью у редактора Journal of Medical Virology, журнал подтвердил свою поддержку газеты. Редактор отмечает, что документ прошел официальный процесс рецензирования, и метод, использованный авторами, был признан заслуживающим доверия.
Считалось, что процесс обзора прошел быстро. Рецензентам было предоставлено 24 часа для предоставления комментариев, а авторам - трехдневный период ответов. Тем не менее, ускорение было целесообразным, учитывая потребность в информации общественного здравоохранения после вспышки.
«В этой серьезной ситуации, когда люди умирают, я думаю, что не публиковать статью для рецензирования - это преступление», - говорит главный редактор журнала Гао Шоцзянь. «Цель состоит в том, чтобы начать научный диалог», и исследователи, которые не согласны с диссертацией, просят их опубликовать свои возражения в журнале.
Американская версия WIRED попросила исследовательскую группу Пекинского университета прокомментировать диссертацию и критическую оценку диссертации, но ответа не получила.
Обмен данными в случае вспышки вируса или чего-либо подобного имеет важное значение для общественного здравоохранения. Однако обмен данными может привести к сенсационным или неправильным исследованиям. Одним из примеров является спорная новая статья, утверждающая, что источником нового коронавируса, вероятно, является змея.
Распространение нового коронавируса, вызывающего респираторные заболевания, резко возросло: более 650 инфицированных и 18 человек умерли в Китае. Одна из многих загадок этой вспышки - ее точный источник инфекции.
Вспышка началась в середине декабря в Ухане, Китай, с появлением симптомов, похожих на пневмонию. Большинство пациентов были связаны с местным рынком. На рынке разнообразные животные, в том числе экзотические, продаются в переполненных ларьках. Есть живые и мертвые животные.
Без каких-либо доказательств эпидемиологи подозревают, что новый коронавирус был передан от животных людям где-то на рынке. Рынок был закрыт с 1 января.
Определение точного источника вируса является первоочередной задачей в предотвращении будущей передачи. Когда в 2003 году SARS (тяжелый острый респираторный синдром) поразил регион Китая, эта вспышка была окончательно полностью устранена путем удаления рынка, который передал вирус людям.
Распространены теории, что змеи являются источником инфекции.
Национальная целевая группа, состоящая из китайских исследователей, быстро работает над выделением и секвенированием нового коронавируса и опубликовала сводку его геномной последовательности в общедоступной базе данных в начале января. Поскольку инфекция распространяется за пределы Китая, это позволило диагностическим лабораториям по всему миру создавать диагностические тесты для выявления инфекции.
На сегодняшний день подтверждено около 10 случаев в других странах, кроме Китая, таких как Япония, Корея, Сингапур, Таиланд, Вьетнам и США. С выпуском генетической информации в последние дни появились новые результаты исследований.
Одним из них была статья группы китайских исследователей, опубликованная в журнале Journal of Medical Virology в ночь на 22 января. Основываясь на последовательности генома вируса, выпущенного Национальной целевой группой Китая, теория о том, что эта вспышка может быть от змеей, вероятна.
Вы можете представить, что произошло в результате распространения «теории змей» в пресс-релизах и преувеличенных сообщениях об этом объявлении. Наряду с официальными сообщениями о новых выявленных случаях в социальных сетях начали распространяться статьи о китайском «змеином гриппе».
Другие считают, что аргумент в этой статье, вероятно, не соответствует действительности.
«Теория змеи» продолжают опровергать
«Это просто мусорная бумага», - утверждает Эдвард Холмс, зоолог из Института инфекционных болезней и биобезопасности при Сиднейском университете, который специализируется на исследовании новых РНК-вирусов, в том числе нового коронавируса (2019-нКоВ). Холмс, который также занимает должность в Центре по контролю и профилактике заболеваний и в Университете Фудан в Шанхае, указывает на существенные недостатки в этой статье на различных вирусологических форумах, в сообществе Slack по науке, в Twitter и других, и отказывается от этой статьи. Один из многих ученых призывает журнал сделать это.
«Публикация данных о последовательности вирусов в реальном времени действительно замечательна», - говорит Холмс. «Недостатком является то, что некоторые люди используют опубликованные данные, чтобы сделать ужасные выводы, и в результате получается распространение действительно бесполезной оппортунистической информации, просто чтобы помешать».
Предварительный анализ генетических данных, опубликованных китайскими властями, показывает, что новый коронавирус (2019-нКоВ) наиболее близок к группе коронавирусов, которые обычно заражают летучих мышей. Однако сезон вспышки - зима, и летучие мыши зимуют. По ряду других причин многие ученые подозревают, что летучие мыши передают вирус человеку через других животных.
Что мы можем узнать из анализа генов
Китайская исследовательская группа во главе с Вей Цзе, микробиологом из Медицинской школы Пекинского университета, начала исследовать этого неопознанного промежуточного хозяина. Один из способов сделать это - использовать генетическую информацию для изучения генетического кода, называемого кодонами. Кодон относится к последовательности триплетов в мессенджере РНК.
Смещение в использовании кодонов (смещение кодонов) кодонов, составляющих белок, варьируется от организма к организму. Некоторые вирусы адаптируются к новым хозяевам, принимая кодон смещения нового хозяина.
Исследователи сравнили кодоны, предпочитаемые новым коронавирусом (2019-нКоВ), с кодонами, предпочитаемыми небольшим количеством потенциальных организмов-хозяев (людей, летучих мышей, цыплят, ежей, панголинов и двух видов змей). Он сообщил, что смещение кодонов нового коронавируса (2019-нКоВ) оказалось наиболее перекрывающимся с смещением кодонов двух видов змей, тайваньской кобры и тихоокеанской змеи.
На основании этих результатов в статье утверждается, что «впервые было показано, что змеи являются наиболее вероятной дикой природой, переносящей вирус 2019-nCoV». «Новая информация из нашего эволюционного анализа имеет решающее значение для эффективного контроля вспышек, вызванных пневмонией, вызванной 2019-нКоВ», - заключает он.
Последствия сравнения смещения кодонов
В отличие от этого, Холмс из Сиднейского университета отмечает, что существует много проблем с подходом исследовательской группы Пекинского университета. Например, сравнение смещения кодонов является очень косвенным способом идентификации животных-хозяев.
Сравнения смещения кодонов также наиболее уместны при рассмотрении видов с сильно различающимися таксономическими классификациями. Структура кодонов вирусов растений и млекопитающих, насекомых и птиц очень различна. Но выявление значимых паттернов между более близкими группами намного сложнее.
Особенно, когда отбирается только небольшое количество видов, это становится более сложным. «Есть много других видов с аналогичным уклоном кодонов, чем у змей, но я не знаю, потому что они не были добавлены в анализ», - говорит Холмс.
Холмс и другие критики скептически относятся к тому, что змеи могут быть промежуточным хозяином, поскольку ни один случай рептилий, несущих коронавирус, который передали людям, никогда не был задокументирован. Биология рептилий у термотермических животных слишком различна. Между прочим, новые коронавирусы 2019-nCoV и SARS очень похожи и относятся к бета-коронавирусу подсемейства коронавирусов, который, как известно, заражает только млекопитающих.
«Я не говорю, что это невозможно. Это возможно. Это странно по своей природе». Эпидемиолог Школы общественного здравоохранения Йельского университета специализируется на отслеживании новых инфекционных заболеваний с использованием геномных данных. Говорит Натан Грубо. Но он утверждает, что нет никаких доказательств. «Причина, по которой змеи являются промежуточными хозяевами, по той же причине, по которой я сейчас думаю:« Промежуточные хозяева - это птицы ».
Журналы поддерживают статьи заново
Когда американская версия WIRED взяла интервью у редактора Journal of Medical Virology, журнал подтвердил свою поддержку газеты. Редактор отмечает, что документ прошел официальный процесс рецензирования, и метод, использованный авторами, был признан заслуживающим доверия.
Считалось, что процесс обзора прошел быстро. Рецензентам было предоставлено 24 часа для предоставления комментариев, а авторам - трехдневный период ответов. Тем не менее, ускорение было целесообразным, учитывая потребность в информации общественного здравоохранения после вспышки.
«В этой серьезной ситуации, когда люди умирают, я думаю, что не публиковать статью для рецензирования - это преступление», - говорит главный редактор журнала Гао Шоцзянь. «Цель состоит в том, чтобы начать научный диалог», и исследователи, которые не согласны с диссертацией, просят их опубликовать свои возражения в журнале.
Американская версия WIRED попросила исследовательскую группу Пекинского университета прокомментировать диссертацию и критическую оценку диссертации, но ответа не получила.